כן, החוק מעניק למפקדים סמכות מעצר כלפי פקודיהם אשר עברו עבירה, בנסיבות מסוימות. למשל, מפקד רשאי לעצור חייל אשר מאיים לברוח מהבסיס, חייל שמשתולל, חייל שמקלל את מפקדיו ועוד.
פקודת המעצר תקפה עד 48 שעות מרגע המעצר. מפקד בדרגת סא"ל ומעלה רשאי להורות, מטעמים הקשורים בפעילות מבצעית או בפעילות כלי שיט, על הארכת המעצר עד 96 שעות.
בתום 48 שעות מרגע המעצר (או בתום ההארכה), העציר ישוחרר, אלא אם כן הוא נשפט בדין משמעתי ונדון למחבוש, או הועבר למצ"ח והובא בפני שופט, אשר האריך את מעצרו לצרכי חקירה. אם בעקבות המעצר יורשע החייל בדין משמעתי ויידון למחבוש, תקופת המעצר תנוכה מהמחבוש.