אזור יהודה והשומרון (איו"ש) מוגדר לפי המשפט הבין-לאומי, כשטח הנתון לתפיסה לוחמתית. בהתאם למגבלות שחלות בדין הבין-לאומי, הדין שחל באיו"ש הינו הדין שהיה קיים לפני כניסת צה"ל לאזור, וכן השינויים שנערכו בדין באמצעות החקיקה של מפקד האזור (תחיקת הביטחון). הדין שחל באיו"ש כולל את הדין העותומני, את השינויים שנערכו בו בתקופת המנדט הבריטי ואת השינויים שנערכו בדין בתקופת השלטון הירדני. בתחיקת הביטחון נערכו שינויים שונים בדין, בהתאם לצרכים הביטחוניים והאזרחיים. בנוסף לכל אלה, חלים באיו"ש גם המשפט הבין-לאומי הפומבי, המשפט הישראלי בחלקו (באמצעות תחולה אקסטרה-טריטוריאלית) וכן בעקיפין גם המשפט המנהלי הישראלי.

מאחר שאזור יהודה והשומרון נתון לשליטה של מפקד כוחות צה"ל באזור, השלטון בשטח במהותו הינו צבאי.
היועץ המשפטי של אזור יהודה והשומרון הוא נציגו של הפרקליט הצבאי הראשי באיו"ש ואמון על ייעוץ משפטי לכלל גורמי צה"ל הפועלים באיו"ש.

למידע על היועץ המשפטי של אזור יהודה והשומרון לחץ כאן

קובץ המנשרים, הצווים והמינויים ("קמצ"ם"), הינו קובץ החקיקה הצבאית החלה באיו"ש. בחוברות אלו מתפרסמת תחיקת הביטחון שמוציא מפקד כוחות צה"ל באזור או מי שמוסמך לכך. חוברות הקמצ"ם החדשות מתפרסמות במפקדות התיאום והקישור באיו"ש (מת"קים) והן מועלות לאתר האינטרנט של הפרקליטות הצבאית. כמו כן, ניתן למצוא חוברות קמצ"ם בספריות משפטיות ובמאגרים משפטיים ממוחשבים, את חוברות הקמצ"ם ניתן למצוא כאן.

בשנת 1981 החליטה ממשלת ישראל להקים באיו"ש מינהל אזרחי, לצורך ניהול ענייניו האזרחיים של האזור. בראש המינהל האזרחי עומד קצין בדרגת תת-אלוף. במינהל האזרחי עובדים גם אזרחים עובדי מדינת ישראל, ש"הושאלו" לטובת מילוי תפקידם למינהל האזרחי. הסמכויות שהם מפעילים הן סמכויות שהוקנו להם מכח הדין החל באיו"ש בכלל ותחיקת הביטחון בפרט.
המינהל האזרחי נקרא גם -
מתפ"ש- מפקדת תיאום פעולות בשטחים.

הצו בדבר העברת טובין (מס' 1252) (יהודה והשומרון) התשמ"ח - 1988, לרבות חקיקת המשנה מכוחו, קובע כי טובין בכמות מסחרית לא יעברו לאיו"ש וממנו אלא במעברי הסחורות.
יחד עם זאת, טובין שמקורם או יעדם במחנה צבאי או בישוב ישראלי, ניתן להעביר בכל מעבר הפתוח לתנועת ישראלים (למעט סחורה חקלאית).

מעברי הסחורות הינם, נכון לדצמבר 2008, מעבר הבקעה, מעבר הגלבוע, מעבר שער אפריים, מעבר ביתוניא (עופר), מעבר הר חומה (מזמוריה) ומעבר תרקומיא.

סחורה חקלאית בכמות מסחרית, מכל מקום וסוג, ניתנת להעברה רק בנקודות המעבר הבאות: מעבר מכבים, מעבר שומרון (חוצ"ש), מעבר אליהו, מעבר הבקעה, מעבר בחורים (חיזמה), מעבר א-זעים, מעבר דרך האבות (המנהרות), מעבר הל"ה (ג'בעה) ומעבר מיתר.

לפי תחיקת הביטחון באיו"ש, ובהתאם לדין הבין-לאומי, הכנסת פסולת שמקורה בישראל לאיו"ש מחייבת קבלת היתר ומפוקחת. הכנסה כאמור של פסולת לאזור והטמנתה בו מחייבת היתר מפורש מאת קצין-מטה לענייני איכות הסביבה במינהל האזרחי ומוגבלת מבחינה כמותית.

פלסטיני תושב האזור, הטוען כי נגרם לו באזור נזק כתוצאה מפעולה של חיילי צה"ל, של גורם הפועל בשיתוף עם צה"ל או של אזרח העובד בשירות צה"ל, ודורש פיצוי בגין אותו נזק, רשאי להגיש תובענה לקצין מטה (קמ"ט) תובענות במינהל האזרחי. קמ"ט תובענות יבחן את התביעה, את הראיות ואת חובת הפיצויים החלה בכל מקרה, ויגבש את החלטתו בנושא הפיצוי. על החלטתו ניתן לערער בפני ועדת העררים. לפני הגשת התובענה יש חובה ליתן הודעה על נזק, בהתאם לקבוע בתקנות.

מכוח סמכותה וחובתה של המדינה להגן על אזרחיה היא מוסמכת לנקוט צעדים שיגנו עליה מפני איום. שאלת חוקיות גדר הביטחון נדונה ע"י בית המשפט העליון, בשורה ארוכה של פסקי דין ובהם בג"ץ 2056/04 (בג"ץ בית סוריק). בית המשפט בחן את השאלה במשקפי המשפט הבין לאומי והמשפט המינהלי הישראלי וקבע, בין היתר, כי המפקד הצבאי מוסמך לתפוס חזקה במקרקעין באזור הנתון לתפיסה לוחמתית, אם הדבר דרוש לצרכי הצבא. נקבע שהקמתה של גדר הביטחון נופלת למסגרת זו, ובלבד שהדבר נדרש על פי צרכים צבאיים. ככל שהקמת הגדר היא צורך צבאי, אין בעצם פגיעתה בקניין הפרטי כדי לשלול את הסמכות להקימה. בית המשפט קיבל את עמדת המדינה, כי הטעם להקמת הגדר הינו ביטחוני ולא מדיני.

לעניין תוואי הגדר קבע בית המשפט, כי על המפקד הצבאי למצוא את האיזון הראוי בין זכויות האדם והצרכים של האוכלוסיה המקומית, מחד גיסא, לבין צורכי הביטחון מנקודת ראותו של המפקד הצבאי, מאידך גיסא. לצורך זה, עושה בית המשפט שימוש בעיקרון המדתיות (פרופורציונאליות), על-פיו ניתן להגביל את חירותו של הפרט (ובענייננו, חירותם של התושבים המקומיים הנתונים לתפיסה לוחמתית) כדי להגשים מטרות ראויות (לענייננו, ביטחון המדינה ואזרחיה וביטחון האזור) ובלבד שההגבלה היא מדתית.

מרחב תפר הינו השטח שבין גדר הביטחון לבין קו תחום איו"ש, במקומות בהם הגדר מצוייה בתוך שטח איו"ש, אשר הוכרז כ"שטח צבאי סגור". בשטח זה הוחל משטר היתרים - לאמור, כניסתם של מי שאינם מתגוררים בשטח מותנית בהיתר.
ההכרזה על מרחב תפר כשטח צבאי סגור, שהכניסה אליו מפוקחת, נשלטת ומחייבת היתרים (למעט לתושבים הקבועים), מאפשרת להתמודד עם האיומים הביטחוניים מהמרחב, ובפרט עם חדירת גורמי טרור ושוהים בלתי חוקיים.

בהתאם להוראות המשפט הבין-לאומי, מוסמך המפקד הצבאי, באזור הנתון לתפיסה לוחמתית, לתפוס חזקה במקרקעין פרטיים, אם הדבר דרוש לצרכים צבאיים החלטיים, כגון הקמת עמדה צבאית.
תפיסת המקרקעין הפרטיים והעברתם לחזקת המפקד הצבאי נעשית במסגרת עבודה מטה מקיפה בה נבחן הצורך הצבאי-ביטחוני אל מול הפגיעה בבעל המקרקעין. במסגרת זו נערכת בחינה בנוגע לקיומן של דרכים חלופיות להשגת המענה הביטחוני ללא הצורך בתפיסת המקרקעין, ככל שישנן, ונבחנות הדרכים הקיימות לתפיסת המקרקעין, כך שהפגיעה בבעל המקרקעין או המקרקעין עצמם, תהא מזערית ככל האפשר.
אם נמצא שיש הכרח בתפיסת המקרקעין לצרכים צבאיים, התפיסה הצבאית ממומשת לאחר שמיעת טענות בעל המקרקעין. תפיסת המקרקעין הינה זמנית ובעל המקרקעין שנתפסו זכאי לפיצויים ולדמי שימוש בעקבות התפיסה.

נוכח האיום הביטחוני על ההתיישבות הישראלית באיו"ש, הוחלט לפני מספר שנים על מיגון ישובים מסויימים בדרך של הקמת שטחים ביטחוניים מיוחדים סביבם.

ישנם מספר ישובים, אשר סביבם הוקם שב"מ הנדסי, המורכב מגדר היקפית, וסביב ישובים אחרים הוקם שב"מ טכנולוגי, המורכב מסנסורים ומצלמות. תחום השב"מ נועד לספק מרחב הגנה ליישוב, ולפיכך אסורים בו בנייה ומגורים.
בעת שהוקמו השב"מים באיו"ש, גובש נוהל המסדיר את כניסתם של תושבים פלסטינים לתחום השב"מ, לצורך עיבוד אדמותיהם החקלאיות. ככלל, כל בעל זכות במקרקעין רשאי להיכנס ולעבד את אדמותיו המצויות בתוך תחום השב"מ. מעבר לכך, גם בני משפחתו הגרעינית של בעל הזכויות במקרקעין כמו גם עובדיו, רשאים להיכנס לשב"מ ולעבד את הקרקע.

הצו בדבר הוראות ביטחון, המהווה "קודקס פלילי" של אזור יהודה והשומרון, מקנה סמכויות לחיילי צה"ל לעכב ולעצור מי שהינם חשודים בביצוע עבירות. סמכויות אלו ניתנות להפעלה הן לגבי פלסטינים והן לגבי ישראלים.
לצד קיומה של סמכות לעכב ולעצור ישראלים נקבע נוהל, לפיו יש להעדיף, כי ביצוע מעצר של ישראלי יבוצע על ידי משטרת ישראל. הנוהל מחייב כל חייל שהינו עד לביצוע עבירה על ידי ישראלי לפעול באופן מיידי לשם מניעת העבירה או הפסקתה, לעכב את החשוד עד להגעת המשטרה למקום או לעוצרו, במידת הצורך, לתעד את הזירה ולשמרה.
    ההוראות המרכזיות הקבועות בצו לעניין עיכוב ומעצר הן כדלקמן:
1.    חייל רשאי לעכב כל אדם כשקיים חשד, כי אותו אדם עבר או עומד לעבור עבירה, או כי הוא בעל מידע ביחס לעבירה שהתבצעה או שעלולה להתבצע בזמן הקרוב. זאת על מנת לזהותו ולהעבירו לחקירה.
2.    מותר לעכב אדם עד 3 שעות. קצין משטרה או קצין צה"ל בדרגת סא"ל לפחות יכולים להאריך את העיכוב ב-3 שעות נוספות. אין להשתמש בכוח בביצוע העיכוב, אולם התנגדות לעיכוב מקימה סמכות מעצר תוך שימוש בכוח סביר.
3.    חייל רשאי, תוך שימוש בכוח סביר, לעצור כל אדם, אשר לגביו קיים חשד שעבר עבירה, שעה שהנסיבות אינן מאפשרות להסתפק בעיכוב. על החייל להעביר את העצור בהקדם האפשרי למתקן מעצר לצורך הוצאת פקודת מעצר וחקירה.
4.    ככלל, הסמכות להוציא פקודת מעצר נתונה לקצין משטרה למשך 8 ימים מרגע המעצר.
5.    כחריג, אדם שנעצר במהלך פעילות מבצעית ללחימה בטרור ונסיבות המעצר מעלות חשד, כי הוא מסוכן לביטחון האזור, לכוחות צה"ל או לביטחון הציבור בישראל, רשאי קצין צה"ל בדרגת סרן ומעלה, לאחר קבלת אישור פרקליט איו"ש, להוציא פקודת מעצר נגדו עד 8 ימים.

למפקד הצבאי סמכות להכריז על שטח מסוים באיו"ש כשטח צבאי סגור בשל הצורך לשמור על הסדר הציבורי והביטחון. מקור הסמכות לאיסור כניסת אדם לשטח מסויים באיו"ש הינו סעיף 90 לצו בדבר הוראות ביטחון, אשר קובע:
"(א) מפקד צבאי רשאי להכריז על כל שטח או מקום שהם סגורים (להלן – 'שטח סגור').
(ב) נסגר שטח או מקום כאמור בסעיף קטן (א), רשאי מפקד צבאי לקבוע כי תחול עליו אחת מההוראות הבאות: ...
(ג) לא יכנס אדם לשטח הסגור ולא ישהה בו..."
מכוח סעיף זה מוסמך המפקד הצבאי להורות, אם צורכי הביטחון מחייבים זאת, כי שטח מסוים ייסגר, וכי כפועל יוצא מכך, ייאסר על כל אדם או אנשים מסוימים להיכנס לשטח הסגור וכן לשהות בו.
השימוש בכלי זה, המעוגן בתחיקת האזור ובמשפט הבין-לאומי, מוגבל למקרים בהם קיים בו צורך ביטחוני של ממש.
סגירת שטח יכולה להיות כלפי כל אדם, כלפי קבוצת אנשים מסוימת או כלפי אדם ספציפי

כבישי "מרקם החיים" הם חלק בלתי נפרד מפרויקט גדר הביטחון והם מיועדים, בעיקר, להחליף כבישים אחרים שהגישה אליהם נותקה או שובשה בעקבות הקמת הגדר. כבישים אלה נסללים ע"י מערכת הביטחון עבור האוכלוסייה הפלסטינית ותכליתם לאפשר לתושבים הפלסטינים, ששטף התנועה שלהם וזיקות "מרקם החיים" שלהם נפגעו, תנועה רציפה, ככל הניתן, וקישור נוח בין ישוביהם לבין ערי המחוז באזור. פסיקתו של בית המשפט העליון הכירה בחשיבותם הרבה של כבישי "מרקם החיים" כנדבך חשוב ובלתי נפרד מבניית גדר הביטחון

ככלל, באזור יהודה והשומרון לא חל הדין הישראלי. דיני המקרקעין באיו"ש מבוססים על חוק הקרקעות העותומני, וכן על השינויים שנעשו בדיני המקרקעין בתקופה המנדטורית ובתקופת השלטון הירדני. בנוסף, בתחיקת הביטחון נעשו שינויים ותיקונים שונים, בהתאם לצרכים, גם בדיני המקרקעין.

לפי הדין שחל באיו"ש, הממונה על הרכוש הממשלתי מוסמך לחתום על תעודה, בה הוא מאשר, כי המקרקעין המסומנים במפה המצורפת לתעודה, הינם רכוש ממשלתי. עצם הוצאת התעודה אינה קובעת, כי המקרקעין הינם רכוש ממשלתי, אלא הוצאתה מאפשרת להצהיר, כי המקרקעין הינם רכוש ממשלתי, ולהעביר את נטל ההוכחה למי שטוען אחרת. התעודה מפורסמת אחרי ביצוע בדיקה מקיפה של היקפי השימוש במקרקעין לאורך השנים ומצבם מבחינת דיני הקרקעות ולאחר קבלת חוות דעת משפטית.

פלישה של אדם לאדמות מדינה או לאדמות פרטיות שאינן שלו מהווה עבירה של הסגת גבול, ובמקרים מסויימים עבירה על הוראות חוק נוספות (כגון איסור כניסה לשטח צבאי סגור). לצורך הגשת תלונה ניתן לפנות לתחנת המשטרה הקרובה ולהציג את המסמכים הקיימים, שיוכלו לתמוך בתלונה ולאפשר לחקור אותה. בנוסף, ניתן לפנות למפקדת התיאום והקישור (המת"ק) בנפה שבה מצויים המקרקעין, ולהגיש תלונה, אשר תיבדק על ידי גורמי המינהל האזרחי ויועמ"ש איו"ש.

רוב המקרקעין באיו"ש לא עברו הליכי הסדר כוללים. לצורך רישום קרקע בטאבו ניתן לנקוט בהליך שנקרא "רישום ראשון של מקרקעין". במסגרת הליך זה נדונה הבקשה של מבקש הרישום בפני ועדה מיוחדת, אשר בודקת את המסמכים המוכיחים את הזכות של בעל המקרקעין, את מפת החלקה, את טענות המתנגדים לבקשה ואת המצב בשטח, ומחליטה אם להוציא צו רישום. על החלטת הוועדה ניתן להגיש ערר לוועדת העררים הצבאית. הגורם שאליו ניתן לפנות לצורך הגשת בקשה לרישום ראשון הינו קמ"ט רישום מקרקעין במינהל האזרחי.

מדור מרשם אוכלוסין מטפל בכל נושאי מרשם האוכלוסין (תושבות ומעמד באיו"ש), כניסה לאיו"ש ויציאה ממנו, רישיונות ביקור וכניסת זרים, היתרי כניסה לישראל לצרכים שונים (רפואי, משפטי, איחוד משפחות, ביקורי כלואים וכיו"ב), מרחב התפר, מעבר עזה-איו"ש ועוד. קציני המדור מטפלים מידי שנה באלפי פניות ומאות עתירות לבג"ץ ולבתי המשפט לעניינים מנהליים בנושאי עיסוק המדור וכן מעורבים בקידום הטיפול בנושאים שבתחום אחריותם.

כניסת נתיני מדינות זרות לאיו"ש מוסדרת בנוהל כניסת זרים, אשר גובש בתיאום עם משרד הפנים ומשרד החוץ. הנוהל קובע קטגוריות, אשר הנכללים בגדרן רשאים להגיש בקשת כניסה לאיו"ש, באמצעות אשרת תייר מסוג ב/2. תוקפה המרבי של האשרה הינו שלושה חודשים, והיא ניתנת להארכה במקרים המתאימים, בהתאם למדיניות ולמצב הביטחוני. לעניין אופן הגשת הבקשה והקריטריונים לאישורה, הנוהל מבחין בין נתיני מדינות שחתומות על הסכם פטור מאשרה לבין מדינות שאינן חתומות על ההסכם כאמור.