ייעודה של התביעה הצבאית, שבראשה התובע הצבאי הראשי, הוא לפעול להשלטת שלטון החוק וערכי משפט וצדק באמצעות מיצוי הדין עם עבריינים הנתונים לשיפוט צבאי.

תחת כנפיה של התביעה הצבאית שמונה חוליות תביעה: ארבע חוליות מחוזיות וארבע חוליות נושאיות. החוליות המחוזיות הן פרקליט אזור יהודה ושומרון (שהוכפפה גם היא לתובעת צבאית ראשית במסגרת השינוי הארגוני), פרקליטות צפון וחייל הים, פרקליטות דרום ומפקדת זרועה יבשה ופרקליטות מרכז וחייל האויר (המטפלת גם במחוזות שיפוט מטכ"ל ועורף) והנושאיות הן הפרקליטות לתפקידים מיוחדים, הפרקליטות לעניינים מבצעיים, פרקליטות עריקים ונפקדים ותחום תעבורה.

חוליות התביעה הצבאית אמונות, כאמור, על אכיפת הדין בצה"ל ובאזור יהודה ושומרון על ידי הגשת כתבי אישום וניהול משפטים כנגד נאשמים בביצוע עבירות; ליווי משפטי של חקירות; בחינת חומר החקירה ומתן הוראה על נקיטת הליכים משמעתיים או אחרים במסגרת חווות דעת הפרקליטים.

התובע הצבאי הראשי (התצ"ר), הוא מפקדה של התביעה הצבאית, והמנחה המקצועי של גופי התביעה, כמו גם גורמי החקירה בתחום המשפט הפלילי-צבאי.

בין תפקידיו, מוסמך התצ"ר להורות על הגשת ערעור על פסקי דין הניתנים בבית הדין הצבאי המחוזי, ובמקרים המשפטיים המתאימים, אף על הגשת בקשת רשות ערעור לבית המשפט העליון על פסקי דין הניתנים בבית הדין הצבאי לערעורים. כמו כן, מסייע התצ"ר לפרקליטות המדינה בטיפול בעתירות לבית המשפט הגבוה לצדק, ובנושאים מגוונים הקשורים לפעילות התביעה הצבאית.

התצ"ר הוא יועצם של הפרקליט הצבאי הראשי, וסגנו, בהחלטותיהם בתחום הפלילי. כן מנחה הוא באורח שוטף את המשטרה הצבאית החוקרת ואת יועצו המשפטי של חיל המודיעין, בנושאים פליליים ובטחוניים. כמו כן, מייצג התצ"ר את הפרקליטות הצבאית בפרט, ואת הצבא בכלל, בפני גורמים אזרחיים בדיונים הקשורים לאכיפת החוק בצה"ל.

אכיפת החוק כלפי חיילי צבא ההגנה לישראל במגוון עבירות, מתבצעת בשלוש חוליות תביעה, הקונות סמכות בהתאם למחוז השיפוטי אליו משתייכת יחידתו של הנאשם (החופף במידה רבה פיקודים וחילות) - פרקליטות צפון וחייל הים, פרקליטות דרום ומפקדת זרועה יבשה ופרקליטות מרכז וחייל האויר (הכוללת אף את מחוזות שיפוט מטכ"ל והעורף).

חוליות תביעה אלה אמונות על בחינת תיקי החקירה שבתחום סמכותן וקבלת החלטה על הטיפול המשפטי הנדרש: הגשת כתב אישום לבית הדין הצבאי, הוראה על דין משמעתי או סגירת תיק החקירה ללא נקיטת צעדים משפטיים. עם הגשת כתב האישום, ממשיכה החוליה בניהול ההליך הפלילי בבתי הדין - על שלל רבדיו ושלביו. עיקר עיסוקן במלחמה בנגע הסמים – צריכה עצמית של סם והסחר בו, עבירות מין והטרדה מינית, גניבת אמצעי לחימה ורכוש אחר ושימוש בלתי חוקי בנשק ועוד. בחלק מהתיקים מתמודדים תובעים בסוגיות משפטיות מרתקות ועקרוניות, כדוגמת היקף זכות השתיקה של חשודים במהלך חקירתם, סמכות ערכאות צבאיות לשנות כתבי אישום מטעמי הצדק ועוד.

ייעודה של פרקליטות איזור יהודה ושומרון הוא לסייע בהשלטת החוק באזור על ידי הגשת כתבי אישום וניהול משפטים כנגד נאשמים בביצוע עבירות כנגד הדין ותחיקת הביטחון באזור; בייצוג המפקד הצבאי בהליכי המעצר המנהלי; וכן על- ידי ליווי תהליכי החקירה והוצאת צווי המעצר המנהלי.

היחידה מורכבת משתי חוליות פליליות בערכאה ראשונה (יהודה ושומרון), חוליה פלילית לערכאת הערעורים ודסק למעצרים מנהליים (הכולל שתי שלוחות במחנה עופר ובמת"כ קציעות).

רוב עיסוקן של חוליות התביעה באיזור יהודה ושומרון הוא הגשת כתבי אישום וניהול הליכים פליליים בתיקי חקירה, שעניינם עבירות בטחוניות. במקביל, נמשך גם הטיפול בעבירות שעניינן הפרות סדר, שהייה בלתי חוקית בישראל (שב"ח) וכן עבירות פליליות אחרות, המצויות בתחומי הסמכות והעניין של המפקד הצבאי.

במסגרת השינוי הארגוני, הוקמה חוליה נושאית חדשה זו, המורכבת משלושה ראשי תחומים המהווים "מוקדי ידע" בנושאים המרוכזים על ידם - תחום המודיעין והסמים, תחום ליטיגציה ומעצרים ותחום הערעורים, התורה והחקיקה. בראש החוליה עומד פרקליט צבאי, המשמש גם כסגנו של התובע הצבאי הראשי.

בן היתר, אחראית הפרקליטות לתפקידים מיוחדים על הגשת ערעורים לפי הוראת התובע הצבאי הראשי והטיפול בהם בבית הדין הצבאי לערעורים, וכן מרכזת את הטיפול בתיקים של קצינים בדרגת סגן אלוף ומעלה שעניינם מובא בפני בית הדין המיוחד לענין זה. נוסף על האמור, מסייעת החוליה לתובע הצבאי הראשי בגיבוש מענה לבקשות לרשות ערעור בפני בית המשפט העליון, ובטיפול בעתירות לבית המשפט הגבוה לצדק, בנושאים הקשורים בעבודת התביעה בקו הירוק.

חוליה נושאית זו, אף היא פרי השינוי הארגוני, מרכזת את הטיפול המשפטי בנושאים המאופיינים בהיבטם המבצעי והפלילי.

בין היתר, מטפלת החוליה בבדיקת תחקירים צבאיים אודות אירועים בהם נפלו חיילי צה"ל. באותם מקרים בהם לא נדרשת חקירה פלילית, מאשרת החוליה את סיכום התחקירים לצורך העברתם לעיון משפחות החללים. כן אמונה החוליה על בדיקתן של תלונות ארגוני זכויות אדם, המעלות חשד להתנהגות פסולה מצד לוחמי צה"ל בשטחי יהודה ושומרון, ובמידת הצורך, מורה על פתיחה בחקירה פלילית כנגד החשודים. החוליה בוחנת תיקי חקירה בתאונות אימונים המתרחשות בצבא, ומשתתפת בהליך גיבושם של כללי הפתיחה באש באזורים השונים.

חוליה נושאית זו, אמונה על הטיפול במשתמטים ממילוי חובת השירות הצבאי במדינת ישראל. בין אם המדובר בהליכים פליליים בפני בתי הדין הצבאיים, ובין אם עסקינן בהליכים משמעתיים הננקטים בעיקר בנפקדויות קצרות מן השירות - מהווה החוליה "מוקד ידע" בכלל הסוגיות הנוגעות לנפקדים, משתמטים ועריקים, בין היתר תוך מתן ייעוץ של גורמי משא"ן ומקמצ"ר. בשנת 2007, למשל, טופלו למעלה מ- 7000 תיקים העוסקים בעבירת ההיעדרות מן השירות.

עוד מטפלת פרקליטות נפקדים ועריקים בקבילות, בקשות להסדרי מעמד ופניות שונות מצד חיילים ועורכי- דין, שעניינם עריקים ונפקדים.