במסגרת עיסוקיהם, מעניקים קציני היחידה ייעוץ משפטי לכלל הגורמים הפועלים בגזרת פיקוד מרכז בהפעלת סמכויותיהם על פי דיני אזור יהודה והשומרון או בנושאים הקשורים באזור ובנוסף מופיעים ומייצגים את מפקד כוחות צה"ל באזור בערכאות משפטיות שהוקמו בו, דוגמת וועדות העררים.

קציני היחידה מעניקים ליווי משפטי לכל הגורמים הפועלים באזור ובהם פיקוד המרכז, האוגדות והחטיבות המרחביות, מנהלת "דרך אחרת" (העוסקת בהקמת גדר הביטחון), המינהל האזרחי ומשרדי התיאום והקישור האזוריים (המת"קים) ובתחומים מסוימים למשטרת ישראל ובפרט למחוז ש"י, לכוחות מג"ב, לשב"כ וכן למשרדי ממשלה שונים וגורמים נוספים בשלטון המרכזי.

ביחידת היועץ המשפטי לאזור יהודה והשומרון פועלים חמישה מדורים.

קציני מדור אזרחי וכלכלי עוסקים במתן ייעוץ ביחס לחקיקה האזרחית באזור, טיפול בתביעות נזיקיות כנגד משרד הביטחון ומפקד כוחות צה"ל באזור, פרסום מכרזים וליווים, הוצאת רישיונות תקשורת ועוד.

מדור זה עוסק בייעוץ משפטי שוטף ובזמן אמת בנוגע להיבטים המשפטיים של הפעילות הביטחונית בגזרות השונות, ובנוגע להיבטי החקיקה והאכיפה הפלילית, תוך ליווי מקרוב של עבודות המטה שנערכות בנושא.

עיסוקיו של מדור מקרקעין כוללים ייעוץ בסוגיות הנוגעות למעמדם המשפטי של מקרקעין שונים באיו"ש, רכישת מקרקעין לצרכי ציבור (הפקעות), דמי שימוש בגין תפיסת מקרקעין לצרכים צבאיים ופינוי פלישות למקרקעין.

מדור מרשם אוכלוסין מלווה באופן שוטף את ההיבטים המשפטיים הנוגעים להיתרי הכניסה לישראל מאיו"ש ולאיו"ש מחו"ל, היתרי עבודה, ביקורי משפחות ועוד.