ענף הארגון וכוח האדם נושא באחריות המטה במערך הפרקליטות הצבאית לנושאי הארגון ותקינת כוח האדם והתפקידים, מנהל כוח האדם, הטיפול בפרט, החינוך, התקציבים, הכוננות והאבטחה, התחזוקה, הבינוי, הקשר, הרכב וארגון האירועים.
הענף מלווה את כלל גופי הפרקליטות הצבאית המפוזרים ברחבי הארץ ומבוזר למספר תחומים שונים, הקבועים בפקודת הארגון של מפקדת הפרקליטות הצבאית הראשית.
בנוסף קיים בפרקליטות משרד ייעוץ ארגוני, המסייע בבחינתם ובפיתוחם של היבטים ארגוניים ומבניים במתכונת עבודתה של היחידה.