מכוח סמכותה וחובתה של המדינה להגן על אזרחיה היא מוסמכת לנקוט צעדים שיגנו עליה מפני איום. שאלת חוקיות גדר הביטחון נדונה ע"י בית המשפט העליון, בשורה ארוכה של פסקי דין ובהם בג"ץ 2056/04 (בג"ץ בית סוריק). בית המשפט בחן את השאלה במשקפי המשפט הבין לאומי והמשפט המינהלי הישראלי וקבע, בין היתר, כי המפקד הצבאי מוסמך לתפוס חזקה במקרקעין באזור הנתון לתפיסה לוחמתית, אם הדבר דרוש לצרכי הצבא. נקבע שהקמתה של גדר הביטחון נופלת למסגרת זו, ובלבד שהדבר נדרש על פי צרכים צבאיים. ככל שהקמת הגדר היא צורך צבאי, אין בעצם פגיעתה בקניין הפרטי כדי לשלול את הסמכות להקימה. בית המשפט קיבל את עמדת המדינה, כי עצם שאלת הקמתה של גדר הביטחון הינה בתחום הביטחוני ולא המדיני.

לעניין תוואי הגדר, קבע בית המשפט, כי על המפקד הצבאי לאתר את האיזון הראוי בין זכויות האדם והצרכים של האוכלוסיה המקומית לבין צורכי הביטחון מנקודת ראותו של המפקד הצבאי. לצורך זה, עושה בית המשפט שימוש בעיקרון המידתיות, על-פיו ניתן להגביל את חירותו של הפרט כדי להגשים מטרות ראויות ובלבד שההגבלה היא מדתית.

נוכח האיום הביטחוני על ההתיישבות הישראלית באיו"ש, הוחלט לפני מספר שנים על מיגון ישובים מסויימים בדרך של הקמת שטחים ביטחוניים (שב"ם) מיוחדים סביבם.

ישנם מספר ישובים, אשר סביבם הוקמו שטחים ביטחוניים הנדסיים, המורכבים מגדר היקפית, ואחרים סביבם הוקמו שטחים ביטחוניים טכנולוגיים המורכבים מחיישנים ומצלמות. השטחים נועדו לספק מרחב הגנה ליישוב, ולפיכך אסורה בהם הבנייה.

בעת שהוקמו השטחים הביטחוניים באיו"ש, גובש נוהל המסדיר את כניסתם של תושבים פלסטינים לתחומם לצורך עיבוד אדמותיהם החקלאיות. ככלל, כל בעל זכות במקרקעין, בני משפחתו הגרעינית ועובדיו, רשאים להיכנס ולעבד את אדמותיו.

במסגרת המאבק בארגוני הטרור הפלסטינים מבוצעות על ידי צה"ל פעולות שמטרתן פגיעה בתשתיות הטרור השונות. בכלל זה, פועל צה"ל נגד תשתית ה"דעווה" של ארגון החמאס והתשתיות הכלכליות של ארגוני הטרור.

במסגרת מאבק זה, פועל צה"ל, בליווי הגורמים המשפטיים הרלוונטיים, לסגירת משרדים ומוסדות הפועלים לטובת ומטעם ארגוני הטרור, לתפיסת כספי הטרור ולהחרמתם, למעצר פעילים המשתייכים לתשתיות ארגוני הטרור ועוד.