בשנים האחרונות גברה מודעות הציבור למצב הסביבה והאקולוגיה ולנזקים שגרם להם האדם בפועל. מודעות זו תורגמה למשימה מרכזית בהתנהלות המדינה - וכנגזרת מכך אף בצבא - להגן על הסביבה.

המשפט מהווה כלי אכיפה מרכזי במאמץ להגנת הסביבה, וקבועות בו סנקציות אזרחיות (כגון חיוב כספי או צו משפטי לבצע מעשה או לחדול ממנו), מנהליות (כגון צווי ניקוי פסולת מטעם רשות מקומית) או פליליות (כגון כתבי אישום או קנסות אישיים).

הסנקציה המשפטית חשובה, משום שלמרבה הצער, התמריץ להימנע מפגיעה בסביבה נמוך. הסביבה היא 'טובין ציבוריים', Public goods, שהפוגע בה עשוי להרוויח רווח אישי על חשבון נזק שייגרם לציבור בכללותו.

לפיכך, הנטייה והשאיפה הטבעית של המחוקק ושל רשויות השלטון (המדינתי והמקומי) הן להגביל עד כמה שניתן, כל פעולה אשר יוצרת מפגע סביבתי, זיהום או פגיעה במשאבים הטבעיים.

צה"ל הינו אחד הגופים שפעילותו, הן בשגרה והן בחירום, היא בעלת פוטנציאל רב לגרימת מפגעים סביבתיים: החל בהקמת והריסת מבנים, דרך הקמת מאגרים לחומרים מסוכנים לסביבה וכלה בהפעלת כוח-אש.

פעילות זו מחייבת איזון בין שני ערכים ציבוריים: הגנת המדינה מצד אחד והגנת הסביבה מצד שני.

פקודת הפרשנות קובעת, כי ברירת המחדל בפרשנותם של חוקים היא, שחיקוק של הכנסת לא יחול על המדינה ועל רשויותיה השלטוניות - כגון צה"ל, אלא אם נקבע בו במפורש אחרת.

בעבר, מרבית החוקים אכן לא הוחלו על המדינה. אולם, בשל מעמדו הרם של החוק, ומעצם היותו מייצג את האינטרס הציבורי, הרי שבפועל רשויות המדינה נוהגות מזה שנים על פי הנחייה המחייבת לפעול בכל זאת בהתאם להוראות כלל החוקים במדינה.

זאת, אלא אם ישנם טעמים ענייניים המצדיקים שלא לעשות כן.

בשנים האחרונות, יותר ויותר חוקים הוחלו במפורש גם על רשויות המדינה. משמעות הדבר היא, שהחוק מחייב את המדינה ויישומו אינו מותנה בשיקול דעת של עובדי הציבור.

כיום חלים על המדינה במפורש חוקים סביבתיים רבים. כדוגמה ניתן לציין את חוק המים, התשי"ט-1959, החוק לסילוק ולמחזור צמיגים, התשס"ז-2007 ואף חוק אוויר נקי, התשס"ח-2008.

צה"ל, ככל רשויות המדינה, כפוף לחוקי מדינת ישראל ובכלל זאת לחקיקה הסביבתית. ככזה, צה"ל מחויב לדין הסביבתי.

הוראת פיקוד עליון 2.0706, מצהירה על מחויבות הצבא להגנת הסביבה ומטילה אחריות על מפקדים וחיילים להיבט זה ביחידותיהם באופן ישיר. אחריות זו רחבה ומכוחה חיילי צה"ל מחויבים למנוע התרחשות מפגעים סביבתיים בתחום אחריותם, למזערם ולהפסיק את השפעתם של מפגעים קיימים על המרקם הסביבתי ועל אנשים הנמצאים בו.

יודגש, כי המקורות לחובות חיילי צה"ל מצויים הן בחקיקה הכללית והן בפקודות הצבא. חיילי צה"ל, ובייחוד מפקדיו, מחויבים הן לאיתור ולמניעת מפגעים סביבתיים והן לטיפול בהם באופן פעיל, אם נוצרו בתחום אחריותם, קטנים כגדולים.

קיימים מקרים, בהם יהיה על גורמי צבא האחראים על מתקני צה"ל לעמוד בקשר ולהשיב לפניות מטעם המשרד להגנת הסביבה, בגין מפגעים שלפי הידוע למשרד, קיימים בהם.

במקרים אלה יש לפעול על פי "נוהל אכיפת חוקי איכות הסביבה" הקיים בין המשרד להגנת הסביבה לבין צה"ל.

הנוהל הנזכר מאפשר למשרד להגנת הסביבה לפנות בגין מפגעים, ישירות לחיילים ולמפקדים בצה"ל. עם קבלת פנייה כזו, על מי שפנו אליו בצה"ל לפעול לסילוק המפגע שבאחריותו בהקדם האפשרי.

יודגש, כי סילוק מפגע צריך להתבצע בהחלטת מפקדי היחידות, תוך קבלת הנחיה מקציני מערך הגנת הסביבה הפרושים בצה"ל, מן הייעוץ המשפטי של הגוף בו הם פועלים וכן מגורמי המטה האמונים על הקשר עם הגורמים הממשלתיים המוסמכים - ובראשם המנהל להגנת הסביבה, הפועל באופן שוטף אל מול מטה ומחוזות המשרד להגנת הסביבה.

במקרה בו לא טופל מפגע שנערכה בגינו פניה, או שהמשרד להגנת הסביבה הורה על פתיחה בחקירה, למשרד להגנת הסביבה סמכות לפנות לדרג המטכ"לי המתאים ולאחר מכן אף לפרקליטות הצבאית, בבקשה לנקוט בצעדים משפטיים במסגרת מערכות האכיפה הצבאיות.

בסמכות הפרקליטות הצבאית להורות על פתיחת חקירה ואף לעשות שימוש בחומרי חקירה שאספו גופי חקירה חיצוניים.