ההרשעה בבית דין צבאי במרבית העבירות גוררת אחריה רישום במרשם הפלילי הכללי במחשבי משטרת ישראל.
הרישום הפלילי מהווה תמרור אזהרה, המודיע לחברה, כי האדם ביצע בעבר עבירות פליליות.
הרישום הפלילי מלווה את האשם למשך 17 שנים, גם לאחר סיום תקופת ריצוי העונש ואף לאחר סיום שירותו הצבאי.
רישום זה עלול להקשות על החייל להשתלב בשירות במוסדות ממשלתיים, לקבל רישיון לעיסוק ברפואה או עריכת דין ואף להיות נהג מונית או אמבולנס.