היעדרותו של חייל מסתיימת במעצרו או בהתייצבותו ביחידתו או בבסיס משטרה צבאית.
חייל שנעצר בגין היעדרות, נעצר, מכוח חוק, למשך 48 שעות. במהלך פרק זמן זה דנה פרקליטות עריקים ומשתמטים בעניינו ומקבלת החלטה, האם להעמידו לדין בבית דין צבאי או בדין משמעתי. בקבלת ההחלטה האם להגיש כתב אישום נגד החייל, שוקל פרקליט עריקים את משך תקופת ההיעדרות, היעדרויותיו הקודמות של החייל, הסיבות להיעדרותו ונסיבותיו האישיות. בנוסף נשקל המצב הביטחוני בתקופת ההיעדרות, תפקידו ודרגתו של החייל.
אם השתכנע הפרקליט כי ישנה הצדקה להורות על העמדת החייל לדין בפני בית דין צבאי, הוא מורה לתובע צבאי להגיש נגדו כתב אישום ובקשה למעצרו. ברגיל, נענה בית הדין הצבאי לבקשת התביעה ומורה על מעצרו של החייל בכלא צבאי עד לתום ההליכים המשפטיים בעניינו.
כמאמר בית הדין:
"בעניינו של מי שנעדר משירות צבאי סדיר למשך תקופה ארוכה מתקיימת חזקת מסוכנות צבאית (שמא ישוב וייעדר וכך לא ישוב ליחידתו ויפגע בזאת בתפקודה, בכשירותה ובכוננותה); ידוע הוא גם כי לגבי אדם כזה אף מתקיימת חזקה שמא יימלט מאימת הדין. ברור גם כי מתקיימת לגביו גם העילה הצבאית הייחודית (החשש לפגיעה מוחשית וחמורה במשמעת הצבא) הנובעת מאי-מעצרו של מי שביצע מעשה בפוגע קשות במשמעת הצבא, על השלכות הדבר על תפקוד הצבא בכללו".
(ע"מ/1/09 סולסן נ' התובע הצבאי הראשי).
בית הדין מתייחס לעבירת היעדר מן השירות בחומרה רבה. נקבע כי על העוברים עבירה זו יש להטיל עונשים מחמירים, אף במקרים בהם הנאשם קיבל פטור משירות (ע/162/10 גל מצרפי נ' התצ"ר).
"בית דין זה ציין שוב ושוב, כי דינו של מי שמשתמט מחובתו לשרת בצבא להיענש בחומרה, בפרט כאשר מדובר בהשתמטות חוזרת של מי שגמר אומר בליבו להפסיק את שירותו הצבאי. הודגש על ידי בית דין זה כי "מעשה שכזה ראוי לגינוי ולהוקעה. הוא אף ראוי לענישה מחמירה מרתיעה והולמת" ".
(ע/9/11 התובע הצבאי הראשי נ' גיטלמן).
מעבר לעונש של כליאה ממשית, היכולה להימשך ימים רבים, בית הדין יטיל בדרך כלל גם עונש מאסר מותנה - פן החייל יעבור בשנית עבירת היעדר מן השירות, אז יופעל התנאי ויגדיל את עונשו העתידי משמעותית.
בנוסף, בית הדין מורה בדרך כלל להוריד את הנאשם מכל דרגה: "חייל הנעדר מן השירות שלא ברשות לתקופה משמעותית, בין משירות סדיר ובין משירות מילואים, אינו זכאי לשאת בדרגה פיקודית" (ע/88/04 התצ"ר נ' סמ"ר אלון קרן פז).
גישה מחמירה זו של הערכאות השיפוטיות משקפת את ההכרה הקיימת בחברה הישראלית בנוגע לחשיבות הצבא לקיומה של מדינת ישראל בייחוד בימינו אלה.
ענישה מרתיעה וקשה הינה כלי חשוב במלחמה נגד תופעת היעדר מן השירות, ויש לקוות כי תוביל לירידה במימדי תופעה הרסנית זו.